С 1940-х годов крупные работы Пришвина практически не печатались, зато появлялось все больше рассказов, формально ориентированных на юных читателей. Именно в этот период за ним в официальном литературном каноне закрепилось звание одного из главных детских писателей. Сам же Пришвин на страницах Дневника не раз высказывался против деления своего творчества на «взрослое» и «детское»: «я всегда работаю над одной темой, в которой детская и общая литература сливаются в единое целое. Если у меня выходят книги одни для детей, другие для взрослых и на разные темы, то это действительно они выходят, а не делаются, как я того хочу. Та единая тема, над которой я работаю, это дитя, которое я сохраняю в себе».

В последних «звеньях» «Кащеевой цепи», написанных в конце жизни, писатель вновь подчеркивал универсальность своих произведений: «больше всего из написанного мною, как мне кажется, достигают единства со стороны литературной формы и моей жизни маленькие вещицы мои, попавшие и в детские хрестоматии. Из-за того я их и пишу, что они пишутся скоро, и, пока пишешь, не успеешь надумать от себя чего-нибудь лишнего и неверного. Они чисты, как дети, и их читают и дети, и взрослые, сохранившие в себе свое личное дитя».

В конце 1930-х годов Пришвин согласился на предложение В.Д. Бонч-Бруевича, директора Государственного литературного музея и известного собирателя архивов, передать часть своих документов в музей. Поиски литературного секретаря, которому можно было бы доверить ценнейшие бумаги, свели писателя с Валерией Дмитриевной Лебедевой (в девичестве Лиорко), ставшей для него той самой любовью, которую он искал всю жизнь: «"Женьшень" направлен к утраченной в юности девушке, "Фацелия" — к той, что пришла почти через сорок лет и наконец вытеснила из меня первую». Именно ей принадлежит заслуга сохранения, расшифровки и первой, частичной, насколько это позволяла советская цензура, публикации Дневника писателя. Она же подготовила посмертное Собрание сочинений мужа, два последних тома которого целиком были заняты ранее неопубликованными (по разным причинам) произведениями.

После начала Великой отечественной войны Пришвин, с 1937 года все чаще живший в Москве, отказался эвакуироваться на Кавказ и поселился в глухой деревне Усолье Ярославской области, знакомой еще со временет жизни в Переславле-Залесском. В это время в газетах и журналах выходят его произведения на военную тематику «Рассказы о ленинградских детях», «Повесть нашего времени» и др. В 1943 году писатель вернулся в Москву: «вчера прихожу в “Советский писатель”, там мне говорят, что книжка моя о радости “Фацелия” напечатана, та самая книжка, которую именно за радость и запретили перед войной. Война на носу, писали о ней, а он радуется. Теперь же понадобилась радость, и книжку напечатали, и в ней о войне ни слова, как будто она давно кончилась», – записал он в ноябре того года.

Вскоре после окончания войны Пришвин купил дом в деревне Дунино Звенигородского района Московской области, куда постоянно приезжал в последние годы жизни, с 1946 по 1954 год. Здесь в 1945 году он написал свою знаменитую «сказку-быль» «Кладовая солнца», за которую получил первую премию на конкурсе, организованном Наркомпросом РСФСР, работал над «Осударевой дорогой», «Корабельной чащей», готовил к выходу книгу «Глаза земли», состоящую из дневниковых записей.

Скончался Михаил Михайлович 16 января 1954 года, похоронен на Ввведенком кладбище. После его смерти дом в Дунино стал мемориальным музеем.