В 1990 г. М.М. Плисецкая покинула Большой театр из-за конфликтов с руководством. Но со сцены не ушла, продолжая участвовать в концертах. В период с 1994 по 1998 гг. в Санкт-Петербурге ежегодно проходил международный балетный конкурс «Майя», неизменным председателем которого была Майя Михайловна.

В 1990-е годы Плисецкая продолжила сотрудничество с выдающимися хореографами мира: с «Марсельским балетом» Р. Пети и «Балетом XX века» М. Бежара. В 1992 году в театре «Эспас Карден» Плисецкая исполнила главную партию на премьере балета «Безумная из Шайо» на музыку Р.К. Щедрина. Свое 70-летие она отпраздновала на сцене, исполнив номер «Ave, Майя», поставленный для неё М. Бежаром и ставший визитной карточкой балерины в 2000-е гг.

В последние годы жизни Плисецкая не танцевала, но вела мастер-классы, писала мемуары. В ноябре 2015 года в Большом театре планировали провести торжественный концерт в честь 90-летия балерины. До своего юбилея Майя Плисецкая не дожила — она умерла 2 мая 2015 года.

За свою творческую деятельность М.М. Плисецкая была отмечена многочисленными театральными премиями и государственными наградами, среди которых три ордена Ленина, орден Трудового Красного Знамени, «За заслуги перед отечеством» I-IV степеней, а также орден Почетного легиона (Франция), Изабеллы Католической (Испания), Восходящего солнца III степени (Япония) и т.д.